בתחילת יום רביעי נכנסה משטרת ישראל למסגד אל-אקצא בעיר העתיקה בירושלים ועצרה למעלה מ-350 בני אדם, בעקבות הריגתו של פלסטיני מחוץ למסגד כמה ימים קודם לכן. סרטונים ששותפו ברשתות החברתיות מראים שכוחות ישראליים משתמשים בכוח נגד אנשים בתוך המסגד ועדי ראייה דיווחו כי המשטרה ניפצה דלתות וחלונות, ירתה רימוני הלם וכדורי גומי ופגעה באנשים באלות.
משטרת ישראל טענה כי היא נכנסה למסגד לאחר שכמה "צעירים פורעי חוק ותועשים רעולי פנים" הביאו זיקוקים, מקלות ואבנים לתוך המסגד והשליכו אותם לעבר השוטרים. מהמשטרה נמסר כי הוציאו ועצרו את האנשים שגרמו לצרות, אך לפחות 12 בני אדם נפצעו במהלך העימותים, והסהר האדום הפלסטיני מסר כי האמבולנסים שלו היו ממוקדים על ידי המשטרה ומנעו מלהגיע לפצועים. תפילות לילה במסגדים נפוצות במהלך חודש הרמדאן המוסלמי.
פעולות משטרת ישראל במסגד אל-אקצא גררו גינוי מצד מדינות ערביות ומוסלמיות, כאשר משרד החוץ של ירדן קורא לישראל להוציא את כוחותיה מהמסגד וגינה את "ההפרה הבוטה" של גם משרד החוץ של מצרים גינה את פעולות המשטרה, וכינה אותן הפרה של החוקים והמנהגים הבינלאומיים.
האירוע התרחש במהלך הרמדאן, שם נשמעו קריאות של קבוצות קיצוניות יהודיות לשחוט עיזים במתחם כחלק מטקס חג פסח עתיק שאינו נהוג יותר. העימותים התרחשו גם זמן קצר לאחר הירי וההרג של מוחמד אל-אוסאיבי בן ה-26 על ידי משטרת ישראל בפתח המסגד. המסגד הוא נקודת הבזק למתחים שכן הוא ביתו של אחד האתרים הנערצים ביותר באיסלאם והאתר הקדוש ביותר ליהדות.
ביום רביעי דיווח צבא ההגנה לישראל (צה"ל) כי תשע רקטות נורו מרצועת עזה לעבר ישראל. מצה"ל נמסר כי חמש מהרקטות נורו לעבר שטח ישראל, וארבע מהן יורטו על ידי מערכת ההגנה האווירית. עוד דיווח צה"ל כי ארבע רקטות נוספות שוגרו מעזה לעבר ישראל אך נחתו בשטחים פתוחים. מנהיג חמאס, הקבוצה המיליטנטית השולטת בעזה, איסמעיל הנייה, הצהיר כי "הפשעים" שביצעה ישראל במסגד אל-אקצא "לא יעברו. "מאוחר יותר באותו יום תקפו מטוסי קרב ישראלים אתרי ייצור ואחסון נשק בעזה השייכים לחמאס, בתגובה לפיגוע הרקטות. השנה שעברה הייתה הקטלנית ביותר עבור ישראלים ופלסטינים במשך כמעט שני עשורים. לפחות 90 פלסטינים נהרגו השנה, כולל חמושים חשודים, אזרחים ועוברי אורח. לפחות 15 ישראלים נהרגו בהתקפות של פלסטינים בישראל ובגדה המערבית במהלך אותה תקופה.